Στα πλαίσια του Π.Μ.Σ Οργάνωση, Λειτουργία, Ανάπτυξη, Διοίκηση Λιμένων τα δίδακτρα ανέρχονται στο ποσό των 3.000 ευρώ. Η καταβολή των τελών φοίτησης, πραγματοποιείται από τον ίδιο τον φοιτητή ή από τρίτο φυσικό ή νομικό πρόσωπο για λογαριασμό του φοιτητή. Τα τέλη φοίτησης του ΠΜΣ - που περιλαμβάνουν την παρακράτηση του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής (30% επί των συνολικών εσόδων του ΠΜΣ) καταβάλλονται σε τρεις (3) δόσεις, Με την καταβολή της πρώτης (1ης) δόσης των τελών φοίτησης και την εγγραφή τους, οι φοιτητές θεωρούνται ενταγμένοι στο Π.Μ.Σ. σύμφωνα με τους ισχύοντες κανονισμούς με όλα τα δικαιώματα και τις υποχρεώσεις που τους απορρέουν. Η πρώτη δόση μπορεί να καταβάλλεται τμηματικά κατά την εγγραφή και πριν την έναρξη των μαθημάτων. Η δεύτερη (2η) δόση των τελών φοίτησης καταβάλλεται στο τέλος του πρώτου (1ου) εξαμήνου από της εγγραφής και η τρίτη (3η) δόση στο τέλος του δεύτερου (2ου) εξαμήνου από της εγγραφής.
Στα πλαίσια λειτουργίας του Π.Μ.Σ προβλέπεται επίσης και η χορήγηση υποτροφιών ανταποδοτικές και μη, ή βραβείων αριστείας σε μεταπτυχιακούς φοιτητές πλήρους φοίτησης, σύμφωνα με απόφαση της Συνέλευσης. Το ποσοστό των υποτροφιών καθώς και τα κριτήρια χορήγησης τους θα καθορίζονται από τη Συντονιστική Επιτροπή του Π.Μ.Σ. ανάλογα με τον συνολικό αριθμό εισακτέων σε κάθε Ακαδημαϊκό Έτος και το θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας του ΠΜΣ. Οι υποτροφίες χορηγούνται βάσει αντικειμενικών ακαδημαϊκών, οικονομικών και κοινωνικών κριτηρίων. Σε εξαιρετικές περιπτώσεις και κατόπιν αιτιολογημένου αιτήματος εκ μέρους του φοιτητή είναι δυνατόν να καταβληθούν τα τέλη φοίτησης σε περισσότερες από 3 δόσεις μετά από απόφαση της Σ.Ε. Στις περιπτώσεις διακοπής της φοίτησης το συνολικό καταβληθέν ποσό δεν επιστρέφεται.