Μια καινοτομία την οποία εισήγαγε το Π.Μ.Σ είναι η συνεργασία με επιχειρήσεις και οργανισμούς οι οποίοι δραστηριοποιούνται στο χώρο των λιμένων, της ναυτιλίας, των logistics, της κρουαζιέρας, των μαρίνων. Η συνεργασία αυτή στοχεύει στην ανάπτυξη ανταλλαγής απόψεων και γνώσης, μεταξύ των φορέων, οι οποίοι αξιοποιούν την περαιτέρω εξειδίκευση και την επιστημονική συμπληρωματικότητα και συνέργεια στους κοινούς τομείς ενδιαφέροντος. Η Συνεργασία αυτή αφορά τόσο στην ανάπτυξη και προώθηση δράσεων διεπιστημονικού χαρακτήρα σε τομείς όπως η έρευνα, η εκπαίδευση όσο και στη προσέλκυσης νέων στελεχών από τις επιχειρήσεις.